在天地初开之时，女娲以泥土创造了人类，也塑造了各种生灵。她所创造的智慧生命主要分为两种：一种是自称为人类的族群，另一种则被人类称为妖魔。
这两大族群之间长期争斗不休。后来，人类锻造出一柄威力强大的神兵，并以黄帝的姓氏命名为“轩辕剑”。轩辕剑的出现，迅速压制了妖魔族的势力，迫使他们分裂为主和与主战两派，人类分别称他们为“善神”与“恶神”。
然而，原本与人类较为亲近的善神一派，却突然与恶神联手，向人类发动了一场大规模侵略。遭到善神背叛的人类奋起抵抗，但在这场战争中，大多数人与妖魔同归于尽……
十七年后，初涉江湖的年轻主角何然，发现人类中出现了一个名为“轩辕帮”的组织。该帮派以斩妖除魔为己任，见妖就杀、遇魔便砍，打破了人与妖魔之间的势力平衡。此时，一位自称“恶神”的妖魔挺身而出，率领前所未见、凶残暴戾的妖魔大军，与人类轩辕帮形成对峙之势。
何然在旅途中结识了与他年纪相仿、满怀正义感的黑衣侠士杨坤硕，随后又遇见了在凤凰塔长大、身负妖咒的美丽少女江如红。三人因缘际会相遇，年纪相仿，志趣相投，于是结伴同行，共同闯荡江湖。《轩辕剑》的传奇故事，由此展开……
游戏特色
奇术系统
奇术系统包含“神通”、“技巧”、“符咒”和“医术”四大类别。施展这些奇术会消耗相应的资源或物品，例如“神通”与“符咒”会消耗施法者的仙术值，“技巧”会消耗使用者的体力值，而“医术”则会消耗物品栏中的五类药材。游戏内提供了所有奇术的详细说明，玩家可在使用前参考其用法。
属性系统
游戏包含雷水、火风、五行、阴阳等多种属性，属性之间存在相生相克的关系，直接影响法术的杀伤效果。
炼妖壶
传说此壶是远古时期女娲创造世间生灵的工具。后来女娲将此壶留于人间，其中封印了无数危害世间的妖怪，静静地隐藏在不为人知的角落……
当玩家在游戏中获得炼妖壶后，在移动画面的“物品”命令以及战斗画面的“行动”命令中，将出现“炼妖壶”选项。战斗中可使用炼妖壶吸收生命力不足的敌人，然后在非战斗时间对吸收的生物进行组合。但需注意，若合体生成的生物等级远高于主角，壶中仙会因主角无法驾驭而拒绝进行合体。